在程序系統工程的領域中，本系積極提昇化工人才之程序設計、控制與系統整合能力，提供國內工業界的人力需求；進而發展安全、可靠、清淨而無公害的製程技術，並降低製造成本、提高產品品質。
其研究重點包括程序之分析模擬與設計（含污染防治系統及生物反應系統）、程序整合、程序合成、電腦輔助設計、化工製程安全分析等等。